В соответствии со статьей 17 Федерального закона от 07.02.2011 № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований», статьей 12 Закона Магаданской области от 24.10.2011 № 1428-ОЗ «О Контрольно-счетной палате Магаданской области» руководители проверяемых органов и организаций могут давать пояснения и замечания на акт (акты), составленные Контрольно-счетной палатой Магаданской области при проведении контрольных мероприятий (ревизия, проверка). Срок представления пояснений и замечаний руководителей проверяемых органов и организаций составляет 5 рабочих дней со дня получения акта (актов).Пояснения и замечания, представленные в указанный срок, прилагаются к акту (актам) и в дальнейшем являются их неотъемлемой частью.
Также проверяемые органы и организации и их должностные лица вправе обратиться с жалобой на действия (бездействие) Контрольно-счетной палаты Магаданской области в Магаданскую областную Думу.
В соответствии со статьей 198 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации проверяемые органы и организации и их должностные лица вправе обратиться в суд об оспаривании предписания Контрольно-счетной палаты Магаданской области.